CSNE koncentruje się na pięciu obszarach badawczych:
1. Wizje Europy
2. Nacjonalizm i integracja europejska
3. Kultura, literatura i pamięć w relacjach polsko-niemieckich
4. Dzieje Niemiec i kontrowersje polsko-niemieckie
5. Polska i Niemcy w zjednoczonej Europie
Wokół nich koncentruje się tematyka projektów inredyscyplinarnych angażujących katedry CSNE oraz habilitacyjnych i doktorskich, które są podejmowane w placówce.