Do zadań CSNE należy inicjowanie, realizowanie badań naukowych z zakresu relacji polsko-niemieckich, spraw niemieckich i europejskich. Badania te są prowadzone w sposób interdyscyplinarny w ramach czterech katedr działających w CSNE.
Piąta katedra, gościnna, ma wzmocnić już istniejące projekty, pomóc w ich realizacji.Innym ważnym celem naukowym CSNE jest nawiązywanie współpracy i organizacja sieci, która łączy instytuty w Polsce i zagranicą o podobnym profilu.
CSNE czyni to poprzez organizację cyklicznych zjazdów dla polskich niemcoznawców, stworzenie oraz stałe administrowanie portalem środowiskowym www.niemcy-online.pl oraz ogłaszanie konkursów na najlepsze prace doktorskie
i magisterskie z zakresu niemcoznawstwa. Wyniki badań są publikowane w osobnych seriach wydawniczych (ich pełny wykaz znajduje się w zakładce publikacje).
